Épisode 1
Quatre mois plus tard
4 mois après «l'explosion», Mohinder enseigne au Caire. Hiro se retrouve dans le Japon du XVIIe siècle et fait la connaissance de Takezo Kensei. Nathan sombre dans l'alcoolisme après la disparition de son frère...
Et 2 nouveaux héros font leur appartition.
Épisode 2
Coupés Court
Peter se retrouve amnésique en Irlande, contraint de collaborer avec la racaille locale. Claire essaye tant bien que mal de s'habituer à une vie «normale», mais refuse de nier sa nature profonde. Suresh, embauché par la Compagnie, se rend en Haïti. Hiro se débat pour préserver la légende de Kensei. Maya.
Épisode 3
Vol d'essai
Pour récupérer son passé, Peter doit participer à un braquage avec Ricky et ses acolytes. Niki quitte Las Vegas et place Micah chez des proches à la Nouvelle-Orléans pendant qu'elle part se soigner dans le labo de la Compagnie. Takezo devient enfin un héros mais Hiro ne parvient pas à quitter l'an 1671 à cause de ses sentiments pour Yaeko. Benett apprend qu'il va mourir.
Épisode 4
Pères et manques
Molly est toujours en proie à ses cauchemars. Maya et Alejandro croisent la route de Sylar qui leur promet de les mener au docteur Suresh. Monica, la cousine de Micah, se découvre de nouveaux talents surprenants. L'enquête sur la mort de Nakamura entraîne Matt sur la piste de son propre père. Claire cache à son père son flirt avec West.
Épisode 5
Le pire cauchemar
Matt et Mohinder sont au chevet de Molly qui ne se réveille pas depuis qu'elle a vu «l'Homme des Cauchemars». Cet homme s'avère être Maury, le père de Matt. Monica explore son pouvoir avec l'aide de Micah. Ella, nouvelle «héroïne», tue le frère de Caitlin qui refuse de lui dire où est Peter.
Épisode 6
Franchissement
Peter va à Montréal avec Caitlin. Kensei surprend Hiro en train d'embrasser Yaeko et se venge en les livrant à Barbe Blanche. Bennet se rend en Ukraine pour récupérer les toiles d'Isaac Mendez. Claire est recalée aux auditions de pompom girls. Pour la venger, West imagine un stratagème. Mohinder, qui étudie les performances de Monica, se rebelle contre Bob. Nikki est engagée pour le surveiller.
Épisode 7
Hors du Temps
Peter et Caitlin se retrouvent projetés dans le futur, dans un monde dévasté par un virus mortel. Peter retrouve petit à petit la mémoire, aidé par la présence de sa mère. Matt finit par assumer l'étendue de ses pouvoirs et affronte son père, délivrant ainsi Molly de son coma. Hiro sacrifie son amour pour Yaeko pour respecter la légende et ne pas perturber le cours du temps.
Épisode 8
4 mois plus tôt…
Nous apprenons en flash-back ce qui est arrivé à nos héros durant les 4 mois qui ont séparés les 2 saisons. Maya découvre ses pouvoirs meurtriers au mariage de son frère. Niki rejoint la Compagnie pour suivre un traitement, mais une nouvelle personnalité émerge. Prisonnier de la Compagnie, Peter rencontre Adam et comprend comment il s'est retrouvé dans un container en Irlande.
Épisode 09
Moyens de pression
Claire refuse de fuir avec sa famille. Hiro découvre l'identité de l'assassin de son père. Matt interroge une dernière fois Angela pour lui soutirer le nom de l'assassin de Kaito Nakamura. Bob enlève Claire avec l'aide de Mohinder. Bennet, enlève Ella, la fille de Bob avec l'aide de West. Un échange est organisé, au cours duquel Mohinder tue Bennet...
Épisode 10
La souche du mal
Peter et Adam retrouvent Victoria Pratt, une des membres fondateurs de la Compagnie, qui avait isolé le virus Shanti en 77. Initiée par Sylar, Maya apprend à maîtriser son pouvoir. Alejandro, de plus en plus méfiant, découvre le passé meurtrier du tueur. Hiro décide de venger la mort de son père et se lance à la poursuite d'Adam. Claire, ignorant que Mohinder a ressuscité son père, affronte Ella et décide de révéler au monde la nature de ses pouvoirs dans l'espoir de contrer la Compagnie.
Épisode 11
Expositions
Peter et Adam force le coffre qui renferme le virus Shanti.
Nathan parvient à convaincre son frère qu'Adam veut répandre le virus. Hiro enterre Adam vivant à côté de la tombe de Kaito. Niki sauve Monica des flammes mais ne réussit pas à s'extraire du bâtiment. A Odessa, Nathan fait une conférence de presse pour dévoiler l'existence de la Compagnie. Sur le point de révéler son pouvoir, il est assassiné.
