Épisode 1
La Fin du monde
Crichton, Aeryn et D'Argo ont été laissés pour mort après que Moya se soit enfuie de la base des pacificateurs et se soit réfugiée dans un champ d'astéroïdes.
Épisode 2
Vitas Mortis
Ayant appris l'existence d'un autre Luxan, D'argo pousse ses équipiers à partir à sa recherche. Cette quête se termine quand ils trouvent Nilaam, une Luxan agée, sur le point de mourir.
Épisode 3
Le Pouvoir de la pierre
Chiana est très affectée lorsqu'elle apprend le décès de l'un de ses proches amis. Elle décide alors de se rendre sur une planète cimetière, où elle rejoint un groupe d'aliens anti conformistes.
Épisode 4
Clarté dangereuse
Un scientifique aveugle propose à Moya un dispositif lui permettant de ne laisser aucune trace susceptible d'être suivie. Afin de monter le module adéquat, Moya doit se rendre sur la planète du scientifique et passer à proximité d'un système de pulsars; le scientifique avertit l'équipage que le système de pulsar est connu pour déclencher certains troubles psychologiques mineurs chez les espèces «peu évoluées».
Épisode 5
Nos pires années
Chiana fait la découverte d'une cassette, qui compromet Aeryn et implique l'officier Sun dans le meurtre de l'ancien pilote de Moya.
Épisode 6
Fenêtre temporelle
Chiana et Rygel ont fait des achats. Rygel est ravi: il a acquis une tiare hynérienne à un bon prix. Quant à Chiana, elle rapporte un tableau dont l'image se transforme. Kyvan, la marchande qui le lui a donné, affirme qu'il est "une fenêtre temporelle" capable de prédire l'avenir. Et en particulier que Chiana va se casser une jambe. D'autres catastrophes attendent l'équipage.
Épisode 7
Famine
Les vivres commencent à manquer, ce qui a des effets inquiétants sur Zhaan. Chiana décide d'emmener Moya près d'une entreprise minière.
Épisode 8
Le Procès
Le pilote de Moya a de plus en plus de difficultés à la contrôler, car celle-ci veut retourner dans le champ d'astéroïdes pour retrouver sa progéniture.
Épisode 9
Changement de corps
Un appareil menace Moya. L'énergie du Moya dévie une grande partie des tirs, mais certains atteignent leur cible. Tous les passagers se retrouvent dans le corps de quelqu'un d'autre.
Épisode 10
Les 3 Crichton
Crichton est enfermé dans une sphère verte par un extraterrestre, et 3 Crichton sont créés: le Crichton homme des cavernes, le Crichton actuel, et le Crichton du futur, qui a l'apparence d'un lézard. La sphère, qui attire Moya dans un vide transdimensionnel, veut emporter l'un des Crichton avec elle.
Épisode 11
À la recherche de la princesse : rien qu’un baiser
Moya découvre une colonie où a lieu un couronnement. L'équipage, excepté Zhaan, descend sur la planète pour y assister. Avant d'accéder au trône, la princesse doit trouver un homme dont l'ADN est identique au sien et deviendra son mari.
Épisode 12
À la recherche de la princesse : Je pense donc j’agis
La fiancée du prince est en fait un agent secret, et elle sauve la vie de Crichton. Ce dernier se retrouve alors devant un choix difficile: épouser la princesse et être transformé en statue, ou redevenir le prisonnier de Scorpius.
Épisode 13
À la recherche de la princesse : dénouement
La tête de la statue de Crichton a disparue. Zhaan découvre que la mort de Moya n'était qu'un test pour savoir si elle était vraiment apte à la piloter. Aeryn fait de l'escalade avec Dregon. Mais les choses tournent mal lorsque celui-ci panique et entraîne Aeryn dans sa chute.
Épisode 14
La Chasse est ouverte
L'équipage parvient à se procurer de la nourriture, mais il semble qu'elle soit contaminée par des parasites. Afin d'écarter tout danger, Chiana achète un petit alien tueur de microbes. Pour sa part, Crichton a des hallucinations sur Scorpio.
Épisode 15
Faux retour
Après avoir traversé un vortex, Crichton se réveille dans un hôpital, sur Terre. Ses amis et sa famille lui annoncent que tout ce qu'il a vécu n'était qu'un rêve. Il commence toutefois à douter des faits, lorsqu'il remarque que ses amis semblent différents.
Épisode 16
Le Médaillon
Alors que Moya se trouve dans une étrange nébulosité, Aeryn partie en reconnaissance une journée, revient très âgée.
Épisode 17
L’Odieuse vérité
Crais demande à l'équipe de Moya de l'aider à diminuer la puissance du canon de Talyn. Mais au même moment, celui-ci détruit un vaisseau de commerce. Alors qu'un second appareil approche, Crais et Talyn s'enfuient. L'équipage de Moya est aussitôt arrêté.
Épisode 18
Les Colliers de contrôle
L'équipage de Moya est capturé par des agents Nabaris qui en veulent à Chiana. Ils l'enlèvent et font subir un lavage de cerveau aux autres membres. Ils souhaitent en fait obtenir des informations sur son frère, devenu le chef d'un groupe de résistants.
Épisode 19
Les armes, l’argent et les mensonges – partie 1
Stark est retrouvé vivant. D'Argo apprend que son fils est toujours retenu prisonnier et décide de se rendre seul sur la planète, afin de le délivrer. Mais il est capturé à son tour. L'équipage de Moya va alors tout tenter pour le libérer.
Épisode 20
Les armes, l’argent et les mensonges – une équipe formidable – partie 2
Les membres de l'équipage arrivent trop tard sur la planète: Scorpius est vivant, et a racheté le fils de D'Argo. Il est prêt à l'échanger contre Crichton.
Épisode 21
Les armes, l’argent et les mensonges - Plan B– partie 3
Afin de sauver Jothee, Crichton décide de se livrer à Scorpius. Alors que l'équipage de Moya et les mercenaires mettent au point un plan pour le sauver, Crais et Talyn arrivent à la rescousse.
Épisode 22
Fatale dichotomie
L'équipage doit emmener Crichton chez un chirurgien, afin qu'on lui retire la puce qui le domine de plus en plus. Mais il s'enfuit. Aeryn tente alors de le rattraper.
