Épisode 1
La voix mystérieuse
Crichton est un astronaute qui, en prenant part à une expérience scientifique, se retrouve bientôt catapulté loin de la Terre. Percutant par inadvertance le vaisseau spatial d'un «Pacificateur», c'est pour lui l'occasion d'une prise de contact avec l'équipage de Moya, en fuite, poursuivi par ces redoutables Pacificateurs...
Épisode 2
Le Cristal
Rygel utilise un cristal de Moya pour berner les Tavleks au cours d'un échange commercial. Il est bientôt victime d'un enlèvement par ceux-ci, qui exigent une forte rançon en échange de sa remise en liberté...
Épisode 3
La Boucle du temps
D'Argo et Chrichton procèdent au sauvetage d'un vaisseau qui était en danger, et ramènent à leur bord 2 scientifiques ilanics, un peuple qui s'avère être proche des Luxans. Tandis que D'Argo semble immédiatement se ranger aux côtés de l'une de ces 2 rescapées, d'autres membres de Moya ne semblent pas accorder à ces individus une totale confiance...
Épisode 4
Rencontre d’un certain type
Hantée par une balise que son équipage ne parvient pas à faire cesser d'émettre, Moya est contrainte de se poser en catastrophe sur une planète, afin d'échapper à un vaisseau de pacificateurs. Étant englués dans un lac, Crichton et les autres se mettent à explorer les environs...
Épisode 5
Genesis
Traqué par un «Maraudeur» des Pacificateurs, Moya se fait bientôt envahir par de bizarres bestioles. Le vaisseau se retrouve alors bien rapidement surpeuplé…
Épisode 6
La Planète Sykar
Ka d'Argo, suite à une violente colère luxanne, principalement axée contre Crichton, décide de partir. Il s'isole bientôt sur une planète appelée Sykar. L'équipage ne tarde pas à retrouver sa trace, celui-ci ayant une compagne. D'Argo est désormais dépendant d'une racine aux effets euphorisants...
Épisode 7
Gilina
Moya découvre sur sa route l'épave d'un vaisseau Pacificateur légendaire : le Zelbinion. Tout l'équipage de Moya, ou presque, décide d'aller explorer cette épave...
Épisode 8
Les Vieux démons du passé
Dans un palais, Crichton se retrouve prisonnier dans les griffes d'un puissant sorcier, Maldis, qui prend un malin plaisir à le confronter dans un duel à mort contre Crais. Il s'avère que le sorcier accroît sa puissance en récoltant la colère de l'un ou l'autres des protagonistes de ce combat...
Épisode 9
Le Généticien fou
Le généticien Nam Tar a décidé d'offrir à l'équipage du Moya des cartes, censées leur permettre de localiser leur planète d'origine, en échange de prélèvement sur l'un des membres du vaisseau, afin d'accroître ses connaissances sur toutes les sortes d'espèces vivantes dans l'univers. Il exige un bras de Pilote...
Épisode 10
Chacun son secret
Alors qu'il tentait de réparer Moya, D'Argo se retrouve bientôt éjecté dans l'espace. A son retour à bord du vaisseau, il est pris d'une sorte de délire qui lui fait revenir en mémoire quelques bribes de son passé. Moya, de son côté, ne semble plus obéir à Pilote. John Crichton va bientôt en découvrir la surprenante raison... une grossesse !
Épisode 11
Naissance d’un vortex
En navigant dans des éruptions solaires, Crichton essaie de recréer les circonstances dans lesquelles il a été propulsé dans cette partie de l'univers. Tout à coup, Aeryn et lui réussissent à créer un vortex. Il est très instable et peut mener absolument n'importe où mais c'est aussi la toute première fois que l'humain a une vraie chance de peut-être pouvoir rentrer chez lui, sur Terre...
Épisode 12
Le Flax
Aeryn apprend à John comment piloter l'un de leur vaisseau. C'est alors que le module est fait prisonnier par un Flax, sorte de champ magnétique qui permet à des pirates, les Zenetans, de capturer leurs proies. Un ancien pirate monte bientôt à bord de Moya et apprend à D'Argo que le Flax retient en captivité un vaisseau luxan...
Épisode 13
Rhapsody in blue
Une secte delvianne joue un tour à l'équipage en arrangeant un rendez vous entre leurs dirigeants, Tahleen et Zhaan. En effet, Zhaan est le seul à pouvoir soigner Tahleen, qui souffre de démence. Mais la rencontre tourne à la catastrophe au moment où Tahleen vole les pouvoirs de Zhaan...
Épisode 14
Jeremiah Crichton
Sa grossesse continuant de la perturber, Moya entre soudainement en combustion alors que Crichton ne se trouve pas à bord. Celui-ci refait alors sa vie sur la planète Acquara, qui ressemble fort à la Terre. Lorsque ses amis finissent par le retrouver, il annonce qu'il n'a pas l'intention de repartir...
Épisode 15
Le retour de Durka
Tandis qu'elle sort de combustion, Moya percute un vaisseau nébari : Elle doit le laisser aborder le temps de réparer ses moteurs.
Épisode 16
Que feraient-ils?
Alors qu'il enregistre un message pour son père, Crichton voit apparaître un vortex qui semble conduire tout droit sur Terre...
Épisode 17
De l’autre côté du miroir
Moya veut faire preuve de ces capacités à l'équipage, et déclenche une combustion, mal préparée, et ne peut s'en sortir. Une partie de l'équipage disparaît, même si les capteurs de Moya attestent de leur présence à bord...
Épisode 18
Virus
Moya est prise à partie par un vaisseau Pacificateur dont le commandant et les hommes descendent. Aux côtés de Aeryn, John endosse un uniforme de commandant, pour tenter de duper ces visiteurs indésirables. Ceux-ci transportent une cargaison secrète, et refusent de révéler quelle est leur mission...
Épisode 19
Le greffon
Aeryn, après un combat, a été gravement blessée. Bien qu'affirmant que ses blessures ont cicatrisé, elle est convaincue qu'elle va mourir, et veut quitter ses amis. Son unique espoir de guérison consiste en une greffe de nerfs. John décide alors de se rendre sur la base des Pacificateurs, afin de trouver un éventuel donneur...
Épisode 20
Le voleur de mémoire
John est toujours prisonnier de Crais, sur la base des Pacificateurs. Aeryn, bien que convalescente, décide de tenter de lui porter secours...
Épisode 21
Le Calcivore
Afin d'éviter d'être détectée par le vaisseau de Crais, Moya a coupé ses moteurs au milieu d'un champ d'astéroïdes, ce qui l'empêche de naviguer...
Épisode 22
Les liens de l’espace
Désespéré, Rygel rejoint le vaisseau des Pacificateurs, et traite avec eux afin d'avoir la vie sauve, acceptant en échange de livrer ses amis à Scorpius...
