Principalement axée sur l’introduction et la présentation des personnages, l'histoire se focalise sur la façon dont ces héros malgré eux appréhendent leurs pouvoirs, ainsi que leur quête respective. L'histoire est conduite pour certains selon l'énigmatique leitmotiv de « sauver la pom-pom girl, sauver le monde » et la vision d'éviter la future destruction de New York.



Parmi ces personnages, se trouvent Peter Petrelli, un infirmier de 30 ans, qui pense pouvoir voler, mais qui dispose en réalité de l'aptitude de s’imprégner du pouvoir des autres ; Isaac Mendez, un junkie de 28 ans avec la capacité de peindre des images du futur ; Niki Sanders, une danseuse de Las Vegas de 33 ans, dont la double personnalité peut s’avérer très violente et dont le fils, Micah, paraît très à l'aise avec les appareils électriques ; Hiro Makamura, un japonais fan de Star Trek et de super-héros, en mesure d'agir sur le temps et de se téléporter ; Claire Bennet, la pom-pom girl qui se régénère et ne peut mourir ; et Sylar, l'horloger, qui va se transformer en tueur compulsif de héros, afin de s’emparer de leurs pouvoirs…
Tous ces personnages vont, d’une manière ou d’une autre, se rencontrer. Leurs diverses interactions auront des répercussions sur le futur.



La 2ème saison voit apparaître de nouveaux personnages, de nouvelles histoires, de nouvelles idées, de nouvelles menaces...
La mécanique de l'histoire reproduit les principes de la saison précédente: des héros ignorants, perdus, égarés au milieu du temps et de leur pouvoir, obligés de faire des choix lourds de sens.
Malheureusement amputée d’un grand nombre d’épisodes, naviguant entre le passé, le présent et le futur, dévoilant un peu plus les secrets du monde de Heroes, la saison 2 n’aura pas le temps de se développer correctement. Se perdant un peu en route et entraînant ainsi un certain désintérêt de la part des téléspectateurs.



Avec Villains, l'intrigue prend un nouveau tournant et débute par l’évasion de dangereux méchants d’une prison de la Compagnie – une organisation qui surveille et enlève les Heroes pour les étudier – et le retour du patriarche de la famille Petrelli. Le ton est donné. Différents « gentils » commencent à explorer leur côté sombre. D'autres personnages « mauvais » découvrent inversement qu’engendrer le bien leur est possible. Oui mais jusqu'où... Et jusqu'à quand ?