Un aspect essentiel de Fringe reste les relations entre des personnages que tout oppose. La jeune agent du FBI doit remettre en question tout ce en quoi elle croyait et parfois faire abstraction des règles qu’elle respectait presque religieusement jusqu’ici. Elle n’a d’autre choix pour comprendre ces phénomènes que de se faire aider par ce scientifique un peu fou mais surtout génial, lequel se remet aussi très souvent en question car tous ces phénomènes sont souvent en rapport avec des expériences qu’il a menées par le passé.


Parallèlement, notre savant fou a un regard d’enfant sur ce monde qui a bien changé depuis son internement, il y a 17 ans. De plus, son fils devenu un homme, le met en face d'une cruelle réalité. Ils n’entretiendront jamais de relations normales père/fils, et ce rôle de père qu’il n’a pas toujours pu ou voulu assumer lui manquera toujours. Leur relation évoluera cependant, les 2 hommes souhaitant se connaître, se comprendre et s’apprécier. Walter aura tendance à considérer quelque peu son fils comme un jeune enfant alors que celui-ci est un adulte ayant pour but d’aider son père, en le canalisant et en l’aidant à s’installer dans cette société qu’il ne connait plus.


La série offre ainsi de très belles scènes sur ces relations entre les 3 personnages confrontés ensemble à tous ces phénomènes extraordinaires.