Dans le monde de Cosmos 1999, la face cachée de la Lune est devenue une vaste décharge de matériaux radioactifs.
Sur l'astre est également posée une base de recherches scientifique, la Station Alpha, résidence d'un groupe de 311 personnes.
Le 13 septembre, un orage magnétique provoque une explosion nucléaire et la réaction en chaîne propulse la Lune hors de son orbite.
La transformant en un vaisseau spatial à la dérive, totalement incontrôlable.

La priorité de la communauté est évidemment de retourner sur Terre, mais la condition particulière de la situation empêche le retour désiré.
Force est donc de se faire à l'idée de trouver une planète capable d'accueillir les habitants de la station désespérément mobile.
Pour s'y préparer les Alphans élaborent d'ailleurs un plan : le projet Exodus.
Initié à plusieurs reprises, ce projet est synonyme d'abandon de la Lune pour aller s'installer ailleurs.

Durant cette recherche, l'équipe du charismatique commandant Koenig va faire la rencontre de multiples forces cosmiques mais aussi de races extra-terrestres intelligentes.
Certaines sournoises, d'autres très évoluées ou à l'inverse dénaturées.
Découvertes de mondes habitables et habités, contacts avec des entités non identifiées, le quotidien des Alphans est fait d'inconnu et de découvertes, mêlant espoir, fatalisme et abnégation.
Conscients que leur destin reste en dehors de toute maîtrise, la communauté lancée dans l'espace va cependant mettre un point d'honneur à faire tout son possible pour survivre et rendre le futur envisageable.
Sans sombrer dans l'immobilisme et  la peur.